ประวัติวัดบัวขวัญนั้น จากคำบอกเล่าสืบต่อกันมาในอดีตนั้น มีประวัติความเป็นมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 5 ซึ่งในสมัยนั้นเป็นเพียงสำนักสงฆ์กลางท้องนาเท่านั้น เมื่อมีพระสงฆ์อยู่จำพรรษาก็เริ่มพัฒนาเป็นวัด โดยสมัยแรก พระครูปรีชาเฉลิม หรือ หลวงปู่แฉ่ง วัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหารเป็นผู้ริเริ่มสร้างวัดขึ้น โดยมีผู้มีจิตศรัทธาหลายคนร่วมบริจาคที่ดิน โดยได้รับอนุญาตให้สร้างขึ้นเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2435 ต่อมาก็มี หลวงพ่อฉ่ำ มาเป็นเจ้าอาวาสปกครองวัด หลังจาก พ่อปู่ฉ่ำ มรณภาพลง วัดก็ว่างเว้นจากพระสงฆ์ ชาวบ้านในละแวกใกล้เคียงกลัววัดจะร้าง จึงได้ไปนิมนต์ พระอธิการพยุง จากวัดกำแพงมาเป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่ปี พ.ศ. 2491 และได้บูรณปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุ พัฒนาวัดเจริญเรื่อยมาจนมีผู้มีจิตศรัทธาบริจาคที่ดินวัดเพิ่ม คือ นายบัว ฉุนเฉียว เป็นผู้บริจาคที่ดิน

       เดิมทีนั้นวัดชื่อ วัดสระแก ได้เปลี่ยนมาเป็นชื่อ วัดบัวขวัญ เพื่อให้เป็นเกียรติแก่ นายบัว ฉุนเฉียว และวัดนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2506 พระอธิการพยุง เป็นเจ้าอาวาสจนถึงปี พ.ศ. 2520 ต่อจากนั้นพระอธิการบุญช่วย ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสมาจนถึง พ.ศ. 2530 และในปี พ.ศ. 2537 พระโสภณสุตาลังการ (ไสว สุขวโร) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบางแพรกเหนือ ได้มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสจนถึงปัจจุบัน ซึ่งได้พัฒนาวัดด้านถาวรวัตถุ ทางด้านการศึกษา จนเป็นโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัดนนทบุรีแห่งที่ 1 และได้รับพระมหากรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกวัดราษฏรขึ้นเป็นพระอารามหลวง ชั้นตรีชนิดสามัญ ในวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2551 เจริญรุ่งเรืองมาจนถึงปัจจุบัน

      วัดบัวขวัญ มีเนื้อที่ 9 ไร่ 2 งาน 61 ตารางวา ในด้านการศึกษาของพระภิกษุสามเณร ทางวัดได้สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมเป็นอาคาร 4 ชั้น ก่อสร้างด้วยคอนกรีตเสริมเหล็ก มีห้องเรียนเพียงพอต่อการศึกษาพระปริยัติธรรม ทั้งแผนกธรรมและบาลี มีบุคลากรทั้งนักเรียนและครูสอนกว่า 100 รูป มีนักเรียนสอบได้เป็นจำนวนมาก ถือว่าเป็นสำนักเรียนที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัดนนทบุรี และสนับสนุนการศึกษาของชาติ สอนธรรมศึกษาในโรงเรียนต่าง ๆ และเปิดเป็น ก.ศ.น. สอนระดับประถมศึกษาถึงมัถยมศึกษาตอนปลายในวันอาทิตย์อีกด้วย